Mercator
https://www.plabipd.de/mercator_main.html
Nr/Nt数据库
网站：https://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/FASTA/
# 下载nr.gz
axel -n 10 https://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/FASTA/nr.gz
# 下载md5
wget https://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/FASTA/nr.gz.md5
# 计算md5
md5sum -c nr.gz.md5
# 解压
pigz -k -d -p 80 nr.gz
# 构建diamond数据库
diamond makedb -p 50 -d nr.db --in nr
# 构建blast prot数据库，大概运行2h
makeblastdb -in nr -dbtype prot -title nr.db -parse_seqids -out nr.db -logfile nr.db.log
# 构建blast nucl数据库，大概运行2h
makeblastdb -in nt -dbtype nucl -title nt.db -out nt.db -logfile nt.db.log
# 执行megablast
blastn -task megablast -use_index true -query test.fa -db nt.db -out test.tab -outfmt 6 -num_threads 10 -max_target_seqs 1 -evalue 1e-5
# 执行blastp
blastp -db nr.db -query test.fa -out test.tab -evalue 1e-5 -outfmt 6 -num_threads 10
NCBI物种信息
网站：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/taxonomy/
# 下载
wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/taxonomy/accession2taxid/nucl_gb.accession2taxid.gz
wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/taxonomy/accession2taxid/prot.accession2taxid.gz
wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/taxonomy/taxdump.tar.gz
