gffread
# 安装
conda create -n gffread -c conda-forge -c bioconda gffread
conda activate gffread
# gff转gtf
gffread -T -o out.gtf in.gffseqtk/seqkit
# 安装
conda create -n seqtk -c conda-forge -c bioconda seqtk seqkit
conda activate seqtk
# 一般fasta文件每行60个字符，如果某fasta文件没有换行，可以通过以下命令换行
seqtk seq -l 60 raw.fa > new.fa
# 根据基因列表从fasta文件中提取序列
seqtk subseq all.fa gene.list > sub.fa
# 将fa文件均分为100个文件
seqkit split test.fa -p 100 -j 100
bedtools
Bedtools 是一个用于处理基因组数据的强大命令行工具集合，它提供了各种功能，包括基因组位置比对、区域交集、突变注释等。
项目地址：https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/
conda安装
BED 文件是一个文本文件，每一行表示基因组的一个区域，包括染色体名称、起始位置、结束位置以及可选的其他列。下面是一个示例的 BED 文件：
chr1 1000 2000 GeneA 1 +
chr1 3000 3500 GeneB 2 -
chr2 5000 6000 GeneC 3 +
BED 文件的前三列是必需的，分别表示染色体名称、起始位置和结束位置。后面的列是可选的，可以用于存储其他信息，如基因名称、分数等。
常见的 Bedtools 命令示例：
intersect：用于计算两个 BED 文件之间的区域交集。merge：将相邻或重叠的区域合并为一个区域。sort：对 BED 文件按染色体名称和位置进行排序。coverage：计算一个 BED 文件中的区域在另一个 BED 文件中的覆盖度。window：在一个 BED 文件的每个区域周围创建窗口。closest：找到一个 BED 文件中每个区域最近的另一个 BED 文件中的区域。
这只是 Bedtools 提供的一小部分命令和功能。你可以通过查阅 Bedtools 的官方文档来了解更多命令和使用方法。
以下是一个简单的示例，演示如何使用 Bedtools 进行区域交集操作：
- 创建两个 BED 文件：file1.bed 和 file2.bed，内容如下：file1.bed：
chr1 1000 2000 chr2 3000 4000 ``` file2.bed：chr1 1500 2500chr2 3500 4500 - 执行区域交集操作：
bedtools intersect -a file1.bed -b file2.bed ``` 输出结果为：chr1 1500 2000chr2 3500 4000这表示 file1.bed 和 file2.bed 之间存在两个交集区域。
