同源比对

号称速度是blast的1万倍

# 软件安装
conda create -n diamond -c conda-forge -c bioconda diamond
conda activate diamond

# 创建数据库
diamond makedb -p 10 -d test.db --in tset.fa

# 比对
diamond blastp --db test.db.dmnd --query test.fa --threads 10 --outfmt 6 -o test.tab --max-target-seqs 100

项目地址：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/

# 安装
conda create -n blast -c conda-forge -c bioconda blast
conda activate blast

默认的tab输出，每一列分别表示

query acc.ver
subject acc.ver
% identity
alignment length
mismatches
gap opens
q. start,
q. end
s. start
s. end
evalue
bit score

# 安装
conda create -n muscle -c conda-forge -c bioconda muscle
conda activate muscle

2023-11-02

同源比对

diamond

blast

muscle

Blat

mmseq2：功能多，速度和dimond类似

本页目录